灵魂是困难模式下非常重要的制作材料，可以用来合成各种强力装备和召唤道具。不同的灵魂需要在不同环境或击败特定敌怪才能获得，比如光明之魂需要在神圣之地地下击杀怪物概率掉落，黑暗之魂则要在腐化之地地下刷怪。而像天空之魂、力量之魂这类特殊灵魂，则必须击败虚空白龙或机械世界毁灭者才能100%获取。
刷光明之魂和黑暗之魂的小伙伴们记得注意听BGM，神圣之地的背景音乐会变得空灵，腐化之地则会有阴森的音效。在地下挖掘时，如果看到石块变成珍珠石或黑檀石，说明已经进入对应区域。这里的小怪都有概率掉落灵魂，不过掉率不算高，建议穿上提高刷怪效率的装备，比如战斗药水和水蜡烛。
对于天空之魂，小伙伴们需要飞到空岛的高度寻找虚空白龙。这种敌怪会主动攻击玩家，击败后必定掉落天空之魂。力量之魂、视欲之魂和恐惧之魂则分别来自机械三王——机械世界毁灭者、机械双子邪眼和机械世界终结者。这三个BOSS战前记得准备好合适的武器和平台，战斗时会轻松不少。
最后要提的是枯萎之魂，它只能通过击败奥库瑞姆获取。和其他灵魂不同，枯萎之魂在3DS版本中会受重力影响掉落，其他平台则会漂浮在空中。所有灵魂都是制作高级装备的关键材料，比如光明之魂能合成圣骑士之锤，力量之魂可以制作巨人之拳。
